Коксуйский хребет граничит с хребтами Холзун, Коргонский и Тигирекский и являются частью Горного Чарыша.
Со стороны Казахстана, образован один из участков Западно-Алтайского государственного природного заповедника.
На хребте Коксуйский берут свое начало многочисленные реки и ручьи. В прибрежных скалах обнаружены месторождения поделочного камня, в частности яшмы и горного хрусталя. Также здесь много высокогорных озер.