Хребет находится на северо-западе Горного Алтая, на территории Алтайского края (Смоленский, Алтайский районы) и Республики Алтай (Шебалинский район).
Является водоразделом рек Песчаная и Сема.
Хребет отходит от Семинского хребта в районе перевала Каменное седло на дороге Теньга - Бешпельтир и тянется на 120 км на север. Высшая точка - белок Мукур-Черга (2014 м). Отроги Чергинского хребта уходят далеко на север и отдельные вершины их достигают в районе курорта Белокурихи 1379 м (г. Синюха) и 1138 м (г. Черная Грива). Самой северной вершиной хребта является гора Церковка (801 м).