Река Пыжа берёт начало из системы небольших горных озёр, расположенных в южной оконечности хребта Алтынту неподалеку от вершины в 2714 м. С запада долина Пыжи ограничена Сумультинским хребтом, с востока - хребтом Алтынту.
Длина реки Пыжа составляет 103 км. Долина реки Пыжа слабо заселена, многие посёлки заброшены. Впадает Пыжа в реку Бия в 17 км от северо-западной оконечности Телецкого озера.