Самый значительный правый приток Катуни протяженностью 320 км. Она и дала название знаменитому Чуйскому тракту. Чуя берет свое начало на хребтах Юго-Восточного Алтая. До слияния с мутно-белым Чаган-Узуном она кристально-прозрачная. Основные притоки реки Чаган-Узун, Актру, Маашей (Мажой). Очень интересное место слияния Чуи с Катунью, когда мутный поток Чуи долго несется рядом с бирюзовыми водами Катуни. В этом месте на обочине Чуйского тракта есть беседка и смотровая площадка.
Чуя одна из самых популярных рек для сплава. Самые известные водные препятствия - Мажойский каскад, пороги Буревестник и Бегемот. На майские праздники практически ежегодно здесь проводятся традиционные соревнования Чуя-ралли и Мажой-ралли, куда съезжаются водники со всей страны.
До землетрясения 2003 года от села Чибит вдоль Чуи была дорога, проходимая для ГАЗ-66 на перевал Орой.