Хребет расположен между плоскогорьем Укок и Северо-Чуйским хребтом, которому он уступает по высоте. В отличие от Северо-Чуйского хребта, на склонах Южно-Чуйского практически нет леса. Наивысшей точкой является гора Икту (3936 м). Хребет занимает почетное второе место на Алтае по количеству и площади оледенения - более 240 ледников, среди которых особенное место занимают ледники Софийский и Талдуринский.